O Zamknięciu kościoła w Wasilkowie i obronie świątyni napisał ANTONI PEŁKOWSKI „KOŚCIÓŁ KATOLICKI NA WASILKOWSKIEJ ZIEMI” (z strony Towarzystwa Przyjaciół Ziemi Wasilkowskiej):tpzw.wasilkow.pl/historia-wasilkowskich-kosciolow-katolickich
W drugiej połowie XIX wieku na terenach włączonych w skład imperium Romanowów zaczęły narastać nastroje niepodległościowe i antyrosyjskie. Na początku 1863 roku doszło do wybuchu powstania styczniowego. Mieszkańcy Wasilkowa brali w nim czynny udział walcząc w oddziałach porucznika Piszczatowskiego. Z tego powodu spadły na nich ostre represje rosyjskie. Rok później, 13 sierpnia 1864 roku władze carskie aresztowały proboszcza wasilkowskiego, ks. Ludwika Lebiedzińskiego. Oskarżyły go o odwiedzanie oddziału powstańczego Onufrego Duchińskiego. Mimo braku dowodów winy, zesłały go na zachodnią Syberię, do guberni tomskiej. Pozwolono mu wrócić do Warszawy w 1875 roku. W tym czasie obowiązki proboszcza pełnił zniedołężniały staruszek ks. Piotr Lebiedziński, były długoletni proboszcz wasilkowski. Był stryjem zesłanego na Sybir ks. Ludwika.
Konstantin Murawiow nakłaniał władze do walki pisząc: „Rząd musi się przekonać, że głównym wrogiem narodowości rosyjskiej w tym kraju jest polskość, a w związku z tym katolicyzm, gdyż katolik i Polak są synonimami w pojęciach ludu; dlatego rząd powinien zwracać uwagę, że osłabienie wpływu katolickiego jest jednym z głównych środków działania”.
Rozpoczęła się eskalacja represji wobec katolików wasilkowskich. 22 grudnia 1865 roku naczelnik wojenny powiatu sokólskiego w raporcie do gubernatora grodzieńskiego proponował, ażeby kaplicę murowaną w Wasilkowie stojącej niedaleko cerkwi prawosławnej, oddać do użytku prawosławnym. Oficjalnie przekazano ją 18 maja 1866 roku.
W tym samym miesiącu gubernator grodzieński zdecydował o odebraniu katolikom dzwonnicy. Wcześniej w kwietniu władze carskie przed samą Wielkanocą zabroniły katolikom procesji na zewnątrz kościoła. W lipcu specjalna komisja orzekła, że drewniany kościół z 1702 r. jest w tak złym stanie, iż grozi zawaleniem. Zalecała zabronić odprawiania w nim nabożeństw a budynek opieczętować tak, ażeby nie można było z niego korzystać.
Najbardziej dramatyczny a jednocześnie bardzo bolesny był 1867 rok. Nastąpił cały ciąg wydarzeń, których zwieńczeniem była szarża kozacka na bezbronnych parafian. 28 lutego generał gubernator wileński wydał pozwolenie nr 282, w którym zgodził się przerobić kościół katolicki w Wasilkowie na tymczasową cerkiew prawosławną. Była to decyzja tym bardziej bolesna, że pozbawiała wasilkowian jedynej świątyni katolickiej, a opodal świeciła świeżością murów konsekrowana w 1853 roku cerkiew prawosławna.
Kolejny cios nastąpił 8 marca, kiedy to władze carskie zlikwidowały parafię katolicką w Wasilkowie oraz ponownie włączyły ją jako filię do parafii białostockiej. Jej proboszczem był wówczas ksiądz Wilhelm Szwarc – późniejszy budowniczy wasilkowskiego kościoła pod wezwaniem Przemienienia Pańskiego przy ulicy Kościelnej. W dniu14 marca doszło do fizycznego zamknięcia (opieczętowania) kościoła wasilkowskiego pw. „Świętej Trójcy” przy dzisiejszej ulicy Kościuszki.
Sokólski naczelnik wojenny zaproponował gubernatorowi grodzieńskiemu, aby kościół rozebrać, a z jego materiału pobudować kaplicę cmentarną dla prawosławnych. Parafialne grunty w Wólce również proponował przekazano parafii prawosławnej. W ten sposób rząd rosyjski dążył do skłócenia chrześcijan obrządku wschodniego i zachodniego. Gubernator postanowił grunty i budynki kościelne oddać tymczasowo w zarząd Izbie Dóbr Państwowych. Parafianie pisali do cara protesty, ale nie spowodowały one zmiany decyzji.  Z wielkim bólem parafianie przyjęli wiadomość o przekazaniu w dniu 16 maja wyposażenia wasilkowskiego kościoła do kościoła w Korycinie.
Wydawać by się mogło, że parafianie pogodzili się z utratą swojego kościoła. Przeciw siebie mieli wszechobecne państwo carskiej Rosji. Nic podobnego. Nie zważając na konsekwencje postanowili bronić kościół. Zdawali sobie sprawę, że dopóki jest budynek i dopóki są dzwony to jest szansa na jego dalsze istnienie.
W dniu 3 lipca 1867 roku przystąpiono do demontażu dzwonów i przekazania jej parafii prawosławnej. Parafianie tłumnie otoczyli swój kościół i przez prawie dwa tygodnie uniemożliwili odebrania dzwonów. Rankiem 14 lipca nastąpił atak przybyłych z Sokółki kozaków na bezbronne osoby. Polała się krew, wielu było rannych.
Warto zapoznać się z pisemnymi relacjami o tych bolesnych wydarzenia bezpośrednich świadków. Jednym z nich jest bibliofil Aleksander Raczyński, który 18 lipca 1867 roku w liście do Iwana Korniłowa, szefa Wileńskiej Komisji Archeologicznej pisał: „Po wysłaniu przeze mnie listu z Sokółki, które przekazałem Panu przez N. I. Woronowa, po starannych poszukiwaniach w Radzie Miejskiej dokumentów skasowanych miast, 12 lipca skierowałem się do Supraśla przez Wasilków. Jadąc do tego miasta nie łudziłem się nadzieją na sukces, ponieważ w Wasilkowie było niespokojnie. Tam, po zamknięciu kościoła i po oddaniu sprzętów liturgicznych, zgodnie z przynależnością, polecono oddać dzwony do prawosławnej cerkwi wasilkowskiej. Ludność sprzeciwiła się temu. Baby zebrały się w większej liczbie koło dzwonnicy, zagrodziły do niej wejście i obstąpiły je. Z przodu ustawiły dzieci i postanowiły bronić własność kościelnej, do czasu otrzymania odpowiedzi, na posłaną do cara prośbę o przywrócenie im nabożeństw kościelnych. Ta obronna babska dzwonnicy zaczęła się 3 lipca. Przekonywania naczelnika policji zostały odrzucone, także i ich dawnego parafialnego księdza – również.  Na księdza posypały się przekleństwa, za zdradę Kościoła. Cały czas mężczyźni trzymali się z boku, jednak w prawidłowym prowadzeniu obrony, nie można było dostrzec dobrego kierownictwa. Gdy przybyłem do Wasilkowa baby-wartowniczki prawidłowo się zmieniały. Poruszenie przeniknęło również i do okolicznych wsi. Zaczęli pojawiać się i mieszkańcy wsi. Na dźwięk dzwonów (miasto leży przy szosie), ze wszystkich stron zbiegali się mężczyźni. W nocy na 13 lipca, wspólnie z pokojowym pośrednikiem Palyminem i ja udałem się popatrzeć na tę swoistą Troję. Zagadałem z babami żartobliwie, z uśmiechem i one odpowiadały żartami, wyrażały upór i zamiar przelania krwi za dzwon, nabyty za ich wspólne pieniądze. […] Przyjechawszy z rana naczelnik policji powiatowej i urzędnik do spraw specjalnych zadań Winigradow, z białostockim księdzem Berszkowiczem raz jeszcze udali się perswadować z amazonkami. Krzyki: Nie damy! Przelejemy krew! Przeklęci! – posypały się w odpowiedzi. Dało się słyszeć rozdzierające krzyki i przez 5 minut po bitwie opustoszało. Kozaki zsiedli z koni i puścili się w zaułki i ogrody gonić uciekających. Zza węgłów zjawiło się kilku mężczyzn z pętami na szyi. Porządek został wprowadzony w ciągu pół godziny. dzwon na jednej furmance, na drugiej mój starzec, stróż drogocennej księgi i szczególnie fanatyczna młoda kobieta, która w kozaki rzuciła kamieniem i jej mąż, kawaler św. Jerzego, w stanie spoczynku, który rzucił się do obron swej żony. Tryumfalna karawana ruszyła na rynek”.
W dniu 18 lipca 1867 roku gubernator grodzieński złożył relację generał-gubernatorowi wileńskiemu z tych bolesnych wydarzeniach generał. Pisał, że mieszczanie, którzy przyczynili się kiedyś do kupna dzwonu dla parafii katolickiej, po przejściu na prawosławie zwrócili się z prośbą o przekazanie go na użytek cerkwi prawosławnej, na co nastąpiła zgoda władz państwowych. „Kobiety wasilkowskie (w liczbie 60) stawiły tym zamiarom zaciekły opór. Asesor rejonu wasilkowskiego ani sprawnik powiatowy z Sokółki nie mogli dać rady z przeniesieniem dzwonu. Dopiero wezwani kozacy w liczbie 30 rozpędzili tłum i dzwon został przeniesiony do cerkwi”. W następnym roku 14 marca wskutek wydarzeń związanych z obroną kościoła cztery osoby skazano na dwa lata i cztery miesiące więzienia (ostrogu) a 60 osób na cztery miesiące.

Jeszcze fragment z strony: polska2000.pl/wasilkow/#wasilkow-pod-zaborami
Wiek XIX przyniósł dramatyczne przemiany religijne. W latach dwudziestych odebrano Kościołowi katolickiemu szkoły. Przywrócono jednak samodzielność parafii wasilkowskiej. Nie istniała ona jednak długo. Władze rosyjskie zmierzały do ograniczenia wpływów polskich i katolickich w swoim zaborze. Największe represje miały miejsce po powstaniu styczniowym.
W 1864 r. aresztowano proboszcza ks. Ludwika Lebiedzińskiego. Oskarżono go o odwiedzanie oddziału powstańczego Onufrego Duchińskiego. Mimo braku dowodów winy zesłano go na Zachodnią Syberię do guberni tomskiej. Pozwolono mu wrócić do Warszawy w 1875 r.
Dwa lata później przystąpiono do systematycznych działań zmierzających do zamknięcia kościoła. W styczniu 1866 r. przyłączono do miejscowej parafii prawosławnej kaplicę znajdującą się na środku Rynku. Została ona zbudowana jako rzymskokatolicka być może jeszcze w XVIII w. Przekazywanie prawosławnym odebranych katolikom dóbr i świętości miało na celu skłócenie ludności. W maju 1866 r. gubernator grodzieński zdecydował o odebraniu katolikom dzwonnicy. W lipcu specjalna komisja orzekła, że drewniany kościół z 1702 r. jest w tak złym stanie i grozi zawaleniem. Zabroniono odprawiania nabożeństw i budynek opieczętowano.
W marcu 1867 r. gubernator postanowił przeznaczyć świątynię na tymczasową cerkiew. Parafianie pisali do cara protesty, ale nie spowodowały one zmiany decyzji. Wiernych przyłączono do parafii białostockiej. Wasilkowianie przystąpili do czynnej obrony. Na straży stały kobiety z dziećmi, a w razie niebezpieczeństwa wzywano dzwonkami znajdujących się niedaleko mężczyzn. Dopiero oddział kozaków zakończył opór. Aresztowanych wywieziono w głąb Rosji.

Pomnik upamiętniający dramatyczne wydarzenia po Powstaniu Styczniowym przy kościele NMP Matki Miłosierdzia w Wasilkowie.